Pompeje założono w VII w. p.n.e. Pierwszą zabudowę, rozkładającą się na ok. 10 hektarach na miejscu obecnego fora, pozostawili po sobie Oskowie. Później miasto znalazło się pod panowaniem Etrusków. W tym czasie osada została otoczona prostymi murami z tufowego kamienia. Miasto składało się z małych skupisk domów ustawionych wzdłuż uliczek między rozległymi terenami, na których uprawiano owoce i warzywa lub kwiaty. W połowie V w. p.n.e. Etruskowie zostali podbici przez Greków, co dało kres im wpływom, a rozpoczęło okres greckiego panowania. W tym czasie dochodzi do nowego, geometrycznego rozplanowania miasta. Zostaje wydzielona oś zachód-południe (tworzona przez ulicę Via Stabiana) i dwie osie wschód-zachód (ulice Via Nola i Via dell' Abbondanza). Od końca IV w. p.n.e. Pompeje znalazły się pod wpływem rzymskim, ale zachowały swoją autonomię.
II w. p.n.e. był okresem wielkiego ekonomicznego
rozwoju miasta, które stało się portem handlowym. Oznaczało to również nową
zabudowę miasta. Starą etruską świątynię zastąpiono świątynią Apolla wybudowaną
w stylu korynckim. Poza tym wzniesiono świątynię Jupitera, bazylikę, targ,
teatr i palestrę (teren sportowy) oraz Termy Stabiańskie. Dowodem dobrych
stosunków ze wschodem jest świątynia egipskiej bogini Isis.
Podczas wojny między italskimi plemionami a Rzymem, Pompeje wystąpiły przeciw Rzymowi. W 80 r. p.n.e. zostały zdobyte i stały się rzymską kolonią. Za cesarskiego panowania postawiono Świątynię Wenus, Amfiteatr, Łuk Triumfalny Nerona, Świątynię Wespazjana oraz rozpoczęto budowę publicznych toalet.
W 62 r. n.e. Pompeje nawiedziło silne trzęsienie ziemi które spowodowało śmierć wielu mieszkańców i zniszczyło miasto. Ponieważ Pompeje były w dobrej sytuacji ekonomicznej, szybko zabrano się za naprawę zniszczeń. Nie zostały one jednak dokończone. 24 sierpnia 79 r. n.e. nastąpiła erupcja Wezuwiusza. Zastygła lawa, popiół i kamienie, które wydobywały się z wulkanu przez trzy dni zasypywały miasto. Było w nim w tym czasie około 10 tysięcy osób. Większość z nich zginęła uduszona przez trujące gazy, jeszcze zanim Pompeje zostały pokryte 6-metrową warstwą materiału wulkanicznego.
To tragiczne wydarzenie opisał naoczny świadek Pliniusz Młodszy. Kilka dni po katastrofie do miasta przybyła komisja wysłana przez cesarza Tytusa Flawiusza, która w jego miejscu znalazła równinę pokrytą ciemną substancją. Pompeje zostały na wiele stuleci zapomniane, dopiero pod koniec XVI w., przy budowie kanału, natrafiono na pozostałości miasta i od tego czasu zaczęto je systematycznie odkrywać.
Największym zainteresowaniem wykopaliska cieszyły się w latach 1806-1832, kiedy zostało odkryte forum i wielkie domy patrycjuszy. W 1860 r. kierownikiem wykopalisk stał się archeolog Giuseppe Fiorelli, który nie tylko dokonywał odkryć, ale też je opisywał i katalogował, co ułatwiało dalsze badania. Autorem najważniejszych odkryć oraz studiów był Amedeo Maiuri, prowadzący wykopaliska w latach 1924-1961. Ostatnie cenne znaleziska zostały odkryte w 2000 r.
